ポケットモンスタースペシャル2

シオンタウンを抜けたレッドはブルーという少女と出会う。ブルーはインチキな商売で金を騙し取るような詐欺を働く女泥棒だった。
レッドはブルーにジムバッジを盗まれてしまい、取り戻そうとする中ブルーがロケット団に狙われている事を知る。
レッドはロケット団に潜入し、ブルーに近づくがブルーはロケット団からミュウに関する情報が入ったディスクを盗み出していたのだった。
ロケット団に追い詰められるブルーだったが、レッドの助けにより脱出に成功。ミュウを捕らえようとするも、寸での所で逃げられてしまう。
ブルーと別れたレッドはタマムシタウンのジムリーダーに挑戦する事に。しかし、ジムリーダーのエリカは挑戦を受ける代わりにイーブイと言うポケモンを捕えてくるように命じる。
レッドはイーブイを捕らえたが、イーブイが何らかの実験を受けていた事を突き止めエリカに詰め寄る。しかし、実験を施したのはエリカではなくロケット団であった事を明かす。
科学博物館で化石を探している男と出会ったレッド。彼の前で科学博物館を襲うブーバーと戦い、撃退。その男はレッドにとある化石を手渡し去って行く。
レッドの事を観察しているような男だったが、ロケット団のメンバーである事が示唆されていた。
その後、海を渡る手段を探していたレッドだったが、カスミがレッドを尋ね。レッドへ昔助けたギャラドスを渡し、海を渡る手段を確保してくれる。
海を渡ったレッドを待っていたのは、フリーザーとそれを追い詰めるロケット団達であった。フリーザーの助けもあって、レッドは危機を切り抜ける事ができた。
フリーザーとの出会いの後、グレンタウンへと向かうとロケット団とまたもや出くわす。追い詰められていたのはジムリーダーであり、ロケット団の技術者だったカツラ。
彼はポケモンを実験台にする行為に嫌気がさし、ロケット団を抜け出したのだった。カツラを助けるため戦いに入るレッドだったが、敵の多さに圧倒されてしまう。
そんな中、カツラの指示でレッドは男から貰った化石を復活させることに。無事化石から復活したプテラを携え、脱出に成功する。
一方その頃、ロケット団は三匹の伝説の鳥ポケモンを捕らえとある計画の最終段階へと入ろうとしていた。
マサラタウンがロケット団幹部であり、ジムリーダーでもあるナツメにより襲撃を受けていた。レッドとグリーンはロケット団との最終決戦へと向かう。