ポケットモンスタースペシャル4

ポケモンリーグで優勝したレッドだったが、とある挑戦を受けに行ってから行方不明に。
おまけに、レッドの相棒であるピカチュウのピカは傷だらけでオーキド博士の元へと現れる。
そんなオーキド博士の元へ現れたのは、麦わら帽子の少年イエロー。オーキド博士は怪しみながらも、少年の不思議な力を見込みレッドの図鑑を手渡しレッド捜索を頼むことに。
レッドを探す旅の道すがら、川で溺れているマサキを助けたのをキッカケに彼と知り合う。
そんな中、イエローは四天王のカンナから襲撃を受ける。レッドを襲ったのも四天王のようで、狙いはピカチュウのようだった。
イエローはポケモンを癒す力、ポケモンの考えを読み取る力を持っているようで四天王はその力を危惧し、ピカと共にイエローもその狙いに定められる。
カンナの魔の手からブルーの協力もあって何とか逃げおおせたイエローは、レッドの姿を見たとの情報を手に入れたイエローだったが、レッドは偽物で。ピカを捕らえるための罠だった。
狡猾な戦術に追い詰められるイエローだったが、ポケモンを信頼し自分を犠牲にした戦法で逆転。更にジムリーダー達の助けもあって捕らえる事に成功。
正義のジムリーダーであるタケシ、カスミ、エリカ、そしてカツラと出会いレッド捜索の協力を取り付ける。
その頃グリーンは無人発電所にて、ゴースト使いの四天王キクコと戦っていた。ゆめくいに苦しめられていたグリーンだったが、少年の力を借りて形なきゴーストを切り裂き撃退に成功。
グリーンもまた、レッド捜索に乗り出す事を告げ。そして、イエローはグリーンに自分を鍛えて貰うように願い出て修行が始まるのだった。