ポケットモンスタースペシャル3

オーキド博士を人質に取られ、ヤマブキシティにバリアを貼り立てこもるロケット団。
レッドとグリーンは協力し、バリアーを破りヤマブキシティへ侵入することに成功する。
ロケット団が立てこもるシルフカンパニーへと乗り込むレッド、グリーン、そしてブルー。
ロケット団の罠によりバラバラにされた三人は、それぞれ幹部でありジムリーダーでもあるナツメ、キョウ、マチスとの一騎打ちとなる。
敵のジムリーダーはそれぞれ、伝説のポケモンを使いレッド達を追い詰めるのだったが。レッド達は機転を利かせ、彼らを撃退する。
ポケモンの技を利用したトレーナー同士への攻撃技にて、人間にも強力な攻撃を使うバトルの激しさは特にこの巻でよく強調されている。
何とかジムリーダーを撃退するも、彼らが作り出したジムバッジをの力を増幅させ。フリーザー、サンダー、ファイヤーを一つのポケモンに融合させる。
どうやら、イーブイを使って行われていた実験はこの時のためだったらしい。追い詰められるレッド達も、また、フシギバナ、リザードン、カメックスの三匹の力を合わせて撃退に成功する。
壊滅していくロケット団とシルフカンパニーだったが、そんな中レッドは科学博物館で出会った男の姿を目撃するのだった。
ロケット団との戦いを終えたレッドは、ハナダ北西部で怪物の話を聞き調査に赴いていた。そこで出会ったのは以前、カツラが作り出したミュウツーだった。
圧倒的な力でレッドとポケモン達を全く寄せ付けず、ピンチに陥るレッド。そこでカツラがどんなポケモンでも確実に捕まえる事のできるマスターボールを引っ提げ助けに入る。
カツラの決死の攻撃を受けたミュウツーだったが、無傷でレッドへと反撃する。レッドはカツラと同じ決死の攻撃を仕掛けるように見せかけ、マスターボールをぶつける事で捕獲する。
ミュウツーを殺すために戦っていたカツラだったが、ミュウツーと共に生きる事を決意。レッドの姿を見てカツラもまたポケモントレーナーとして再出発する事を決意するのだった。
トキワシティに戻ったレッドは、ポケモンに襲われている少女を助ける。トキワシティにつくと、レッドは最強のジムリーダーであるトキワジムの噂を聞き、ジムを尋ねる。
そして、トキワジムでレッドを待っていたのはかつてレッドに化石を渡し。シルフカンパニー崩壊の時に姿を見せた男であり、ロケット団の首領であり最強のジムリーダーであるサカキだった。
サカキはトレーナーとしての圧倒的な力を見せつけ、レッドを追い詰めていく。ボロボロにされながらも、レッドはサカキですら思いつかない奇抜な策で出し抜きサカキを倒す。
最後のジムリーダーを倒したレッドは、セキエイでのポケモンリーグへと参加していた。戦いを進め、準決勝に残った4人はレッド、グリーン、そしてブルーと謎の男。
最初の準決勝はブルーと謎の男。謎の男はブルーの弱点を知っているようで、鳥ポケモンを繰り出してくる。ブルーの必死の抵抗も空しく、謎の男の猛攻によりブルーのポケモンは全滅。
そこで謎の男が正体を明かす。男の正体はオーキド博士であった。ブルーもまた本来はマサラタウンの出身トレーナで、博士の元からポケモンを盗んでいったのは自分と同じマサラのトレーナーと同じ事をしたかったからだと明かす。
そんなブルーに、二度と盗みをしない事を約束する代わりにとオーキド博士はブルーに図鑑を手渡し一度優勝した事があるから、と決勝戦を辞退。
レッドとグリーンの戦いが事実上の決勝戦となった。互いが互いの長所を、長い旅の中で吸収し合い。初めて出会った時とは比べ物にならないほどに成長を見せ、互角の戦いとなる。
一進一退の攻防を繰り広げながらも、最終的にはレッドが僅差で勝利を収める結果となった。
レッド、グリーン、ブルーを主人公とした第一部完結作品となっているだけあって、ロケット団との戦いなど盛り上がり所が満載の三巻となっている。